Histoire : Yûgi Muto (jeu) est un lycéen qui, comme son nom l'indique, est passionné de jeux, fasciné par son grand-père qui tient une boutique de jeux de toutes sortes.
De nature plutôt timide et chétive, Yûgi ne rêve que d'une chose : avoir des amis, de vrais amis.
Un jour, il finit un casse-tête, le puzzle millénaire, venant de l'Égypte ancienne (en réalité, le puzzle l'a choisi), et une deuxième personnalité apparaît en lui. Cette personnalité (Yûgi « le sombre » ou Yami Yugi), qui a un certain côté démoniaque, apparaît lorsque Yûgi ou plus précisément ses amis sont en danger, et, en jouant au jeu des ténèbres avec les coupables, fait ressortir leur vraie nature pour les punir grâce à la "sanction des ténèbres".
Ce n'est que peu à peu que le premier Yûgi se rend compte de sa deuxième personnalité, dont il aura tout d'abord peur.
Tout au long de l'histoire, les personnages vont s'affronter dans différents jeux, mais le principal est le jeu de cartes Magic & Wizards créé par Pegasus. Ce jeu, inspiré par l'Égypte ancienne, se révèle bien plus mystèrieux qu'un simple jeu de cartes.
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